重症筋無力症では、全身麻酔で使用する筋弛緩薬の影響を受けやすく、その効果が残りやすい傾向にあります。 そのため、麻酔科医は筋弛緩モニターを使用して、できる限り筋弛緩薬が少量で済むようにします。 またガスの麻酔薬（吸入麻酔薬）には筋弛緩作用があるため、その効果を利用して麻酔を維持したり、筋肉への影響の少ない静脈麻酔薬を優先したりします。
手術部位や術式によっては、ガスの麻酔薬や筋弛緩薬を使用しない区域麻酔（硬膜外麻酔や神経ブロックなど）で麻酔管理ができます。 これでも呼吸を補助する筋肉に影響が出ることがあるため、注意深く麻酔を行います。